Nowy Jork
Jak zwykle, z narażeniem życia, Indiana Jones zdobył kolejny artefakt. Tym razem była to tajemnicza statuetka, której wieku Indy nie był w stanie dokładnie określić, wydawała mu się jednak bardzo stara. Statuetkę odszukał na prośbę niejakiego Smitha - nie znanego mu bliżej kolekcjonera staroci. Jakże wielkie było jego i Marcusa zdumienie, gdy ów Smith, grożąc mu bronią, zabrał statuetkę i małą, białą kulkę, która z niej wypadła, mając w oczach obłęd, jakiego Indy jeszcze nie widział u zwykłego hobbysty. Po krótkiej walce Smith uciekł, zostawiając swój płaszcz, w którym Indiana znalazł legitymację agenta Trzeciej Rzeszy wystawioną na nazwisko Kerner... podejrzana sprawa. Oprócz legitymacji, Kerner aka Smith miał w płaszczu także numer National Archeologic, z artykułem o badaniach w Islandii, prowadzonych niegdyś przez Jonesa i jego asystentkę, Sophię Hapgood. Domyślając się, że Sophia może okazać się kolejną ofiarą nazisty, Indy wyruszył do Nowego Jorku, gdzie odbywał się seans - Sophia bowiem rzuciła archeologię i została medium. Niestety, Jones przybył na seans za późno - wszystkie bilety były już wyprzedane, a drzwi zamknięte na cztery spusty. Biorąc po drodze gazetę, Indiana udał się na zaplecze, by spróbować dostać się na seans tylnymi drzwiami. Zaryzykował i otworzył drzwi; nie zdążył jednak przestąpić progu, gdy pojawił się goryl - wielki bamber nie zadający pytań, jeno walący prosto w mordę. Niewiele myśląc, Indy rzucił się do bójki, którą, o mały włos by przegrał, ale w końcu jednak odniósł zwycięstwo. Poniewczasie pomyślał sobie, że zamiast bić faceta do nieprzytomności mógł z nim po prostu pogadać i sprytnie mu nakłamać, aby go wpuścił. Zauważył też okno nieopodal - to też była droga do wnętrza. Będąc już w środku, Indy chciał wejść od razu na scenę i podejść do Sophii, ale człowiek odpowiedzialny za oświetlenie zatrzymał go. Po krótkiej wymianie zdań, przerywanej parokrotnie co ciekawszymi fragmentami pokazu, Indy wręczył oświetleniowcowi gazetę. Ten odszedł, aby poczytać sobie w spokoju, powierzając Jonesowi światła. Indiana pobawił się chwilę wajchami, w końcu nacisnął jakiś przycisk, co dało opłakane rezultaty - rozczarowani widzowie zaczęli gwizdać i krzyczeć, spektakl został przerwany. Sophia dostrzegła obecność swego dawnego profesora i domyśliła się, że to on jest odpowiedzialny demaskacji. Zabrała go do swego pokoju, by się z nim poważnie rozmówić, ale zanim cokolwiek powiedziała, zobaczyła z przerażeniem, że pokój został dokładnie przeszukany, a wszystkie rzeczy poprzewracane do góry nogami. Indy nie miał wątpliwości, że to Kerner alias Smith jest sprawcą tego bałaganu. Po dłuższej i dość burzliwej dyskusji z Sophie oboje doszli do wniosku, że muszą udać się na Islandię, gdzie przed laty wspólnie prowadzili badania.
Islandia-Tikali-Azory
Po przybyciu do mroźnej krainy natknęli się na skandynawskiego naukowca, Bjorna Heimdalla, który w dość nieuprzejmy sposób obwieścił im, że to teraz jego wykopaliska i że nie mają tu czego szukać. Indy skierował rozmowę na Atlantydę - Heimdall wyraźnie podjął temat i zaczął wygadywać bzdury o statkach kosmicznych, lądowiskach i innych niestworzonych rzeczach. Zdradził jednak dwa nazwiska - Sternhart i Costa - ci dwaj osobnicy mogą coś wiedzieć o Zaginionym Dialogu Platona, jedynym istniejącym opisie Atlantydy. Po chłodnym pożegnaniu Jones Jr. i Sophia udali się do Tikali, gdzie badania prowadził profesor Sternhart. Po drodze natknęli się na węża, gigantyczną anakondę, koło której Indy zdecydowanie nie chciał przechodzić. Strzelając z bata przegnał jakiegoś dużego gryzonia (kapibara?) na skraj urwiska, gdzie przebywał wąż. Anakonda zaatakowała gryzonia, wywiązała się walka, ale oba zwierzaki po chwili wpadły w przepaść. Droga wolna. Indiana wdrapał się na drzewo rosnące nad skrajem rozpadliny, drzewo ugięło się i nasz dzielny profesor wylądował bezpiecznie po drugiej stronie. W tym samym czasie Sophia znalazła znacznie wygodniejszą drogę, naokoło dżungli. W rezultacie oboje jednocześnie znaleźli się przed piramidą Majów. Po chwili pojawił się Sternhart. Ten podejrzany (i podejrzliwy) typ nie uwierzył w tytuł naukowy Jonesa i kazał mu udowodnić, że jest tym, kim jest, odpowiadając na pytanie: jaki tytuł nosi Zaginiony Dialog Platona. Indy, mimo swej wiedzy, nie znał odpowiedzi na to pytanie, powiedział więc wprost, że nie zna tytułu. Sternhart zaśmiał się pogardliwie i wrócił do pracy. Jones podszedł do siedzącej na drzewie nieopodal papugi i zapytał: "tytuł?". Papuga bez wahania odparła: "Hermokrates - przyjaciel Sokratesa". Indy zawołał ponownie Sternharta i tym razem odpowiedział na pytanie. Naukowiec zmienił zdanie o Indianie i zaprosił go do obejrzenia jego prac. Indy szybko dostrzegł, że jeden ze zwojów, tworzących dekorację dużego obramowania wygląda nieco inaczej niż pozostałe. Poprosił Sophię, aby zajęła czymś Sternharta przez chwilę, wyszedł na zewnątrz i zabrał lampę naftową wiszącą nieopodal. Po powrocie do wnętrza piramidy, otworzył lampę i wylał naftę na zwój. Nafta wyżarła pokłady mchu i darni, które zarosły przedmiot. Jones wyjął spiralny pręt ze ściany, po czym szybko włożył go do dziwnej płaskorzeźby umieszczonej na ścianie obok. Teraz płaskorzeźba wyglądała jak łeb słonia z długą trąbą. Indy pociągnął na trąbę i w tym samym momencie kamienna płyta uniosła się ukazując wnętrze sarkofagu. Sternhart rzucił się do środka i zabrał kamienny dysk, po czym, grożąc dwójce naukowców bronią, uciekł. W sarkofagu, oprócz zwłok króla, Indy znalazł małą, białą kulkę - orichalcum. Znał już działanie tego dziwnego przedmiotu, kryjącego w sobie niesamowitą energię. Oboje z Sophią postanowili, że pokażą to Heimdallowi. Po powrocie na Islandię, okazało się, że biedny profesor, w naukowym uniesieniu, zapomniał o podstawowych zasadach BHP, co przypłacił życiem, zamarzając na śmierć. Zdołał jednak odkuć w lodowej skale fragment czegoś, co wyglądało jak figurka węgorza. Indy włożył kulkę orichalcum do buzi węgorza, który momentalnie rozgrzał się, rozpuszczając lód dookoła. Figurka została uwolniona, Jones i Sophie zabrali ją i zdecydowali udać się na Azory, do niejakiego Costy. Costa okazał się starym, obleśnym dziadem, łasym na uroki płci pięknej i starożytne artefakty. Dopiero węgorz z Islandii zaspokoił jego żądania; zdradził wtedy tajemnicę, gdzie można znaleźć Zaginiony Dialog Platona. Podał nazwę kolekcji, która Jonesowi Ph.D. wydała się dziwnie znajoma - ależ tak! Ta kolekcja jest w zbiorach Uniwersytetu Barnett, uczelni Indy'ego!
Barnett College
Manuskrypt może znajdować się w trzech miejscach - przewróconej szafie, w skrzyni na strychu lub wewnątrz woskowego kota. Aby dostać się do wnętrza szafy, trzeba wspiąć się po linie na strych i zabrać grot strzały z półki. W piwnicy leży szmatka, którą należy owinąć grot, by Indy nie pokaleczył sobie łapy. Grotem trzeba posłużyć się jak śrubokrętem, usuwając śrubki z pleców szafy. Aby wyjąć księgę z szafy trzeba zabrać z lodówki w biurze Indy'ego stary majonez i posmarować nim indiański totem na strychu. Totem trzeba przesunąć na środek pomieszczenia, by Jones mógł wspiąć się po nim na samą górę. Jest tam urna, wewnątrz której znajduje się mały kluczyk. Pasuje on do skrzynki schowanej na strychu za dużym pudłem. Aby wydobyć manuskrypt z woskowego kota trzeba zabrać gumę do żucia z ławki szkolnej stojącej obok przewróconej szafy. Gumę Indy musi przykleić sobie do butów, by w ten sposób wejść po śliskim zsypie węglowym w piwnicy. Woskowego kota należy wrzucić do pieca. W końcu Indy odnalazł tajemnicze dzieło. Pomyśleć tylko - przez tyle lat ten nadzwyczaj cenny okaz leżał pod jego nosem w zagraconej sali ..... na jego własnym uniwersytecie! Pokazał księgę Sophii, która zdecydowała, że należy teraz zdobyć kamienne dyski otwierające wrota do Atlantydy. Indy postanowił zabrać Sophię ze sobą i razem udać się do Algieru.
Algier-Monako
Na miejscu Jones z asystentką szybko odnaleźli Omara - handlarza starociami. Na razie nie mogli w żaden sposób go przekonać o swych dobrych intencjach, zabrali więc jedynie brzydką maskę, która tylko odstraszała Omarowi klientów. Wyposażeni w maskę udali się do Monte Carlo w poszukiwaniu Trottiera - drugiej osoby, mogącej mieć któryś z kamiennych dysków. Sophie weszła na górę do hotelu, by przygotować pokój na seans - Trottier był bowiem nieco kopnięty na punkcie duchów i innych takich głupot. Zadaniem Jonesa było znalezienie go i zaproszenie na górę. Indy szybko dostrzegł niepozornego, siwego i łysiejącego człowieka w brązowym garniturze. Trottier też okazał się nieufny, zadał Indianie kolejną zagadkę, którą on jednak szybko rozwiązał, bez pomocy papugi. W trakcie dyskusji jednak palnął głupstwo, Trottier obraził się i odszedł. Zniecierpliwiony Indy skoczył na górę, by poprosić Sophię o pomoc - ona rzekła tylko, aby w trakcie rozmowy z Trottierem, Indy rzucił imię Nur-Ab-Sal. Tak zrobił, dzięki czemu kopnięty Francuz pofatygował się do pokoju hotelowego. Zanim rozpoczął się seans, Indy zdjął z łóżka prześcieradło, wyjął spod zlewu latarkę i schował się za przepierzeniem. W trakcie seansu wykręcił korki (w ciemnej skrzyneczce na ścianie), założył sobie na łeb maskę i prześcieradło i podświetlił je od spodu latarką. Tak wystrojony pokazał się Trottierowi, który z krzykiem uciekł, zapominając o swoim kamiennym dysku. W ten sposób Indy i Sophie weszli w posiadanie pierwszej części klucza do Atlantydy - Słonecznego Dysku. Wrócili do Algieru. Na rynku Indy namówił Sophię, aby posłużyła jako ochotnik arabskiemu magikowi rzucającemu noże. W ostatniej chwili Sophie zaczęła mieć wątpliwości, ale Indiana wypchnął ją naprzód, co wszyscy jednoznacznie zrozumieli jako dobrowolne zgłoszenie się do pokazu. Pokaz był krew w żyłach mrożący, ale Sophie przeżyła, a w prezencie dostała od magika nóż. Szybko oddała go Jonesowi. Oboje udali się ponownie do Omara. Przekonali go, pokazując mu Słoneczny Dysk, on zaś opowiedział im o wykopaliskach prowadzonych na pustyni przez Niemców. Dał im nawet mapę i dwa wielbłądy, by mogli udać się na miejsce. Wielbłądy niestety zdechły milę za miastem - Omarowi było przykro (albo tylko udawał) i zaofiarował się, że wymieni maskę, którą wcześniej dał Jonesowi na coś innego. Indy wziął czerwony wózek-zabawkę i zaniósł go do handlarza mającego na rynku stoisko z żywnością. Arab nie był zainteresowany wózkiem, nie chciał też przyjąć dolarów. Indy musiał wrócić do Omara i tak długo wymieniał się z nim przedmiotami, aż któryś z nich spodobał się handlarzowi na rynku - pasował jako prezent dla jego syna, czy też teściowej, lub po prostu dobrze komponował się z kolorem wnętrza domu. W zamian dał Indianie jakieś arabskie świństwo na patyku. Jones Jr. nie gustował w tego rodzaju pokarmach, oddał je więc żebrakowi. Żebrak odwięczył się całodniowym biletem na balon. Indy i Sophie weszli na dach jakiegoś budynku i ujrzeli wielki balon. Wręczyli Arabowi bilet, wsiedli do balonu i zostali wywindowani parę metrów w górę. Jones chwycił nóż i przeciął nim linę cumowniczą - w ten sposób uwolnili się.
Pustynia
Sterowanie balonem nie było łatwe, choć z drugiej strony, nie nastręczyło jakichś znowu strasznych trudności. Indiana musiał pamiętać, że po zrzuceniu balastu balon wznosił się w górę i skręcał w prawo, zaś po przykręceniu zaworu opadał i skręcał w lewo. Parę razy lądowali, by zapytać się Arabów o drogę do Iksa zaznaczonego na mapie Omara. W końcu dotarli na miejsce, lecz zostali przywitani serią z karabinu hitlerowca. Pociski przebiły balon, który spadł na ziemię, przygniatając żołnierza. Na szczęście dwójka naukowców wyszła z tego bez szwanku. Ale... Sophia nie zdążyła zrobić nawet pięciu kroków, gdy nagle, dosłownie zapadła się pod ziemię. Indy nie mógł usłyszeć jej głosu dobywającego się z rozpadliny. Postanowił szybko ratować przyjaciółkę i wlazł w podziemia. Było tam ciemno jak oko wykol. Indy po omacku odszukał coś, co było prawdopodobnie przenośnym generatorem elektrycznym, starożytny słoik, kawałek wręgi, gumową rurkę i drewniany kołek. Wyszedł z powrotem na zewnątrz, zbliżył się do ciężarówki, odkręcił wlot paliwa i za pomocą gumowego węża napełnił słoik benzyną. Wrócił do podziemi, wlał paliwo do baku generatora i nacisnął przycisk. W pomieszczeniu zapłonęły światła. Jones za pomocą wręgi usunął gruzy ze ściany, aż ukazało mu się dziwne malowidło z dziurą pośrodku. Wetknął do dziury kołek i założył na niego Słoneczny Dysk. Ustawił go zgodnie z instrukcjami w dziele Platona - było pełne wzmianek, że "południowe słońce musi oświetlić rogi" i innych takich. Nacisnął kołek. Otworzyło się wejście do ciemnej komnaty, skąd wybiegła strwożona Sophia. Wewnątrz znalazła bursztynową rybkę na sznurku i rozdzielacz zapłonu. Indy wyłączył generator, wyjął z niego świecę, po czym oboje wyszli na powierzchnię i skierowali się do ciężarówki. Jones umieścił świecę i rozdzielacz zapłonu w silniku, zamknął maskę i razem opuścili pustynię, by udać się na Kretę - kolonię Atlantydów.
Kreta
Będąc na miejscu skrzętnie obejrzeli wnętrza wszystkich pomieszczeń. W jednym z nich znaleźli dziwny rysunek wyobrażający łeb i ogon byka, oraz parę wielkich rogów. Jones poleciał szybko na górę i zabrał instrument mierniczego. Po drodze, mniej więcej pośrodku terenu wykopalisk natrafił na dwie kupy kamieni. Popchnął je... i ku jego zdziwieniu odkrył figurki przedstawiające łeb i ogon byka. Ustawił instrument przy obu tych statuetkach i wymierzył linie proste w kierunku wielkich rogów widocznych nieopodal. W miejscu przecięcia się obu linii, po zrobieniu dołka wręgą, doktor Jones znalazł kolejny kamień - Dysk Księżycowy. Razem z Sophią wrócili do przystani i ułożyli oba dyski, jeden na drugim na małym postumencie (najpierw Słoneczny Dysk, potem Księżycowy). Ustawili je zgodnie z wskazówkami Platona i nacisnęli kołek. Otworzyło się wejście do Labiryntu. Wewnątrz labiryntu natknęli się na zamkniętą kratę i kamienną, ruchomą półkę. Indy wrócił się do wejścia, skąd zabrał dwa głazy wyobrażające głowy. Gdyby zabrał trzeci wejście zamknęło by mu się przed nosem, przestąpił więc próg i ściągnąć trzecią głowę za pomocą bata. Wszystkie trzy głazy zaniósł przed zamkniętą kratę i umieścił na kamiennej półce. Wejście stanęło otworem. Błąkając się po labiryncie, przyjaciele znaleźli salę, pośrodku której stała wielka rzeźba minotaura. Indy strącił biczem łeb minotaura, który stoczył się po schodach i upadł na podłogę. Gdy oboje zeszli na dół ze schodów, podłoga zaczęła się zapadać - był to rodzaj prymitywnej windy. Zjechawszy na dół dokonali makabrycznego odkrycia - znaleźli zwłoki Sternharta, który trafił tu przed nimi, ale nic więcej nie wskórał i umarł z głodu, nie umiejąc wydostać się z pomieszczenia. Gdy oboje zeszli z windy, zrozumieli dlaczego - platforma, pozbawiona ciężaru, pojechała z powrotem na górę. Zamiast rozpaczać, Indy zabrał trzeci, ostatni już kamień, który Sternhart sprzątnął im sprzed nosa w Ameryce - Dysk Ziemski. Wziął też laskę naukowca. Przyjrzał się dokładnie małemu wodospadowi i dostrzegł łańcuch, ukryty za strumieniem wody. Polecił Sophii zostać na dole i wspiął się po łańcuchu na górę. Długo błądził korytarzami, aż w końcu natrafił na kolejną windę - wybierając górne wejście dostrzegł belkę blokującą przeciwwagę windy. Pochnął belkę laską i uwolnił przeciwwagę. Zszedł na dół, do platformy, i przyjrzał się płaskorzeźbie ogromnej twarzy z otwartymi ustami. Wetknął kijek w kamienne usta i uruchomił mechanizm. Platforma uniosła się. Na górze Indiana znalazł złote pudełko i dwie kulki orichalcum. Zabrał do wszystko i wrócił do Sophie. Zbadawszy dokładnie dalszy ciąg zamkniętego korytarza dostrzegli wąską dziurę w ścianie. Jones na pewno tam się nie zmieści, ale Sophie... Indy zagrał jej na ambicji i ostatecznie przekonał ją, aby wlazła do dziury. Pomógł jej się wgramolić, dzięki czemu Sophie znalazła wajchę i otworzyła przejście. Niedługo jednak cieszyli się wolnością - okazało się, że korytarz, do którego prowadzą drzwi, także jest ślepy. Indy wpadł na pomysł i użył bursztynowej rybki. Rybka wskazała na niego. Schował orichalcum do złotego pudełka i zamknął je. Wtedy rybka wskazała na Sophię. Poprosił ją, aby zgodziła się na schowanie naszyjnika do pudełka. Sophia marudziła, ale w końcu uległa. Przeszli po wszystkich pomieszczeniach, aż w końcu, w jednym z nich, rybka wskazała ścianę. Indiana użył ponownie wręgi, by rozwalić mur. Znaleźli się w dużej sali z makietą Atlantydy. Pośrodku makiety znajdował się kołek, na który przyjaciele nadziali wszystkie trzy dyski, ustawiając je w takiej kolejności, o jakiej pisał Platon. Po naciśnięciu kołka otworzyło się przejście. Indy skorzystał z niego, ale... został zaatakowany przez Smitha vel Kernera. Hitlerowiec postawił mu wybór - oddaje dyski, albo ginie. Jones, niechętnie zwrócił kamienie. Kerner uciekł, blokując naukowcowi drogę. Indy znów użył wręgi, by obluzować kamienie i wydostać się na zewnątrz. W samą porę! Z przystani właśnie odpływał U-Boot z Sophią, dyskami i Kernerem na pokładzie.
U-Boot
Gdy tylko Jones znalazł się w środku, został zaatakowany przez kapitana okrętu. Walka nie była trudna, po jednym ciosie kapitan legł na ziemi bez przytomności. Indy chciał pociągnąć za wajchę, ale drążek został mu w ręku... co za tandeta. Korzystając z interkomu, kazał załodze (w imieniu kapitana) przejść na dziób. Sam zszedł niżej, na środkowy poziom i skierował się na rufę. Po drodze wziął kilka kromek chleba, plasterek szynki i porcelanowy kubek. Otworzył klapę w podłodze, zszedł niżej i podszedł do zespołu akumulatorów. Jeden z nich uległ awarii i zaczął wyciekać z niego kwas. Indy nabrał kwasu do kubka. Podszedł kilka kroków w prawo, pod ścianę, za którą trzymana była Sophia. Zawołał ją - Sophia zareagowała. Powiedział jej, że ma plan i żeby w odpowiednim momencie odwróciła uwagę strażnika. Sophia zgodziła się, Indiana wrócił na śródokręcie i zszedł drabinką na sam dół. Strażnik go nie dostrzegł, Indy wziął więc przepychacz do kibla i zaatakował nim strażnika. Niestety - hitlerowiec uchylił się od ciosu i wycelował broń w profesora. Jones nie stracił jednak zimnej krwi i zaczął wyzywać strażnika od wiadrogłowów i kubłofilów. Nazista zmieszał się nieco, słysząc takie obelgi, ale nie zdążył zacząć zastanawiać się nad ich sensem, gdy pomogła mu Sophia, strzelając go z całej siły wiadrem w pysk. Indy wrócił na wyższy poziom i skierował na w stronę dziobu. Bacząc, by nie zostać zauważonym przez załogę, zszedł niżej i podsłuchał rozmowę Kernera z szalonym naukowcem. Wywnioskował z tej rozmowy, że kamienne dyski znajdują się w skrytce kapitana, którą miał przed sobą. Wylał na skrytkę zawartość porcelanowego kubka, kwas przeżarł metal, dzięki czemu Indy odzyskał kamienie, znalazł też mały kluczyk. Kluczykiem odblokował koło sterowe (znajdujące się w pomieszczeniu z Sophią), zaś przepychaczką do kibla zastąpił ułamany drążek wajchy. Znalazł też, nieopodal kiełbas, wajchę do regulacji prędkości i przycisk odwracania ciągu silników. Miał już wszystkie instrumenty potrzebne do sterowania okrętem. Minęła chwila, zanim nauczył się posługiwać tymi mechanizmami, ale w końcu wprowadził U-Boota do podziemnej jaskini.
Atlantyda
Gdy tyko zeszli z pokładu okrętu, Indy usłyszał krzyki Sophii. Znowu ktoś ją porwał! Macając dookoła znalazł drabinę, przystawił ją do wzniesienia, wdrapał się na górę i w ciemności odszukał jakiś metalowy drąg. Wyjął ze złotego pudełka kulkę orichalcum i włożył ją do główki wieńczącej drąg. Pomieszczenie zalało światło. Sophii ani śladu. Indy ułożył kamienne dyski w odpowiedniej kolejności (Słoneczny, Księżycowy, Ziemski), po czym zaczął je obracać. Wedle Platona wejście do Atlantydy otwierało się tylko dla przekornych umysłów - obrócił więc dyski dokładnie odwrotnie, niż wtedy na Krecie. Wejście stanęło otworem. Jones zabrał ze sobą dyski i drabinę, po czym wkroczył do zewnętrznego kręgu Atlantydy. Układ pomieszczeń dobierany jest losowo, praktycznie za każdym razem jest inny, więc nie mogę go tutaj dokładnie opisać. Snując się po labiryncie, zaglądając do wszystkich sal i czołgając się wszystkimi tunelami, Indiana znalazł kilka ważnych obiektów: salę z posągiem przypominającym skrzyżowanie byka z rybą (wziął stamtąd rybi łeb), salę z resztkami robota (skąd zabrał duże brązowe kółko), drugą salę z robotem (gdzie znalazł mniejsze kółko), salę z rozpadliną i posągiem minotaura (kładąc drabinę Indy przedostał się na drugą stronę i zabrał kamienny kubek trzymany przez posąg) oraz pomieszczenie z kolejną figurką węgorza. Skierował się do sali z "fontanną" lawy, postawił kubek na postumencie i przymocował rybią głowę do fontanny. Gdy lawa wypełniła kubek, zabrał go, pamiętając też, aby wziąść rybi łeb. Lawę zaniósł do pomieszczenia z ogromną machinerią. Przymocował większe kółko w odpowiednim miejscu, wlazł na górę i wylał lawę do misy. Maszyna została uruchomiona i po chwili wyprodukowała kilka kulek orichalcum. Jones zabrał je, wziął też z powrotem brązowe kółko. Po drodze zajrzał do okalającej miasto linii starożytnego metra, natknął się na wagonik z szkieletem pasażera. Pożyczył sobie jego klatkę piersiową. Natknął się na kilku Niemców, udało mu się uciec, ale raz został schwytany. Ale szczęście mu dopisało i pokonał hitlerowca w walce wręcz. Zabrał mu bratwursta (jeśli nie zapomniałeś zrobić kanapki na U-Boocie nie musisz zdobywać bratwursta). Odnalazł salę z małym stawem, skąd wydostawały się kraby. Włożył żarcie do klatki piersiowej i wstawił ją do stawiku. Po chwili do klatki złapał się krab. Jones Junior zabrał go, po czym odszukał pomieszczenie z wlotem tunelu, którym doszedł do lochów, gdzie przetrzymywana była Sophia. Włożył kulkę orichalcum do ust posągu stojącego w zasięgu ręki. Posąg ożył i stratował strażnika, ale potknął się, spadł i rozwalił na kawałki. Indy cofnął się w głąb tunelu, po czym odszukał bramę do lochów. Włożył orichalcum do ust węgorza, którego trzymał w ręku. Węgorz rozgrzał się do czerwoności, więc Indy wyrzucił go do stawu. Woda wyparowała. Jones włożył kolejną kulkę do ust małego posągu stojącego na skraju stawu. Wrota otworzyły się i profesor dostał się do środka. Odszukał lochy z Sophią i spróbował ją uwolnić. Sophia jednak nie ufała sile Jonesa i poleciła mu wymyśleć coś innego. Obrażony, odszedł, zabierając po drodze drobny element, który wypadł z rozwalonego robota. Wkroczył do kanałów. Od razu dostrzegł ogromną ośmiornicę czatującą w wodzie. Rzucił jej kraba w klatce, ośmiornica zeżarła go i uciekła. Indy mógł teraz wskoczyć do wody i dosięgnąć dziwnej tratwy w kształcie kraba. Włożył orichalcum do paszczy kraba i popłynął do bramy. Brama otworzyła się dopiero, gdy przyłożył do małego koła jeden z kamiennych dysków. Popłynął dalej, natknął się na kolejne bramy - każdą z nich otwierał inny kamień. Dostrzegł schody wiodące na górę, wysiadł z tratwy i skorzystał ze schodów. Na górze znalazł szafkę z dziwnym przedmiotem w środku. Zabrał go i zamknął szafkę. Na jej drzwiach dostrzegł dziwny rysunek. Przerysował go i wrócił do kraba. Popłynął dalej, aż dotarł do bramy. Wszedł w nią i znalazł się przed wielkimi wrotami. Wrota były oczywiście zamknięte, a otwierał je mechanizm w kształcie posągu. Przystawił do niego drabinę, otworzył klapę i zajrzał do środka. Wpierw zamocował wewnątrz większe brązowe kółko, na nim przedmiot z robota z więzienia, po czym pozostałe dwa elementy - półokrągły przedmiot i małe kółko zębate przymocował tak, jak wskazywał schemat z drzwi szafki. Robot opuścił ramię, do którego Jones przymocował jeden koniec łańcucha. Drugi koniec przyczepił do bramy. Przestawił kółka wewnątrz robota, nakarmił go orichalcum, maszyna podniosła ramię, pociągnęła za łańcuch, który napiął się i rozwalił bramę. Wśród resztek wrót Indiana znalazł długi, żelazny pręt. Zabrał go ze sobą i wrócił do Sophii. Dał jej pręt i rozkazał, aby zablokowała nim kratę, gdy ją podniesie. Sophia wykonała żądanie i po chwili znalazła się na wolności. Jones podniósł odrobinę kratę, by wypadł pręt, który z pewnością jeszcze mu się przyda. Dziewczyna nie podziekowała Indy'emu tak, jak należało. Chociaż po chwili... Oboje wkroczyli do kanałów, podpłynęli krabem do bramy i weszli do środka. Sophię ogarnęło szaleństwo, bowiem nawiedzający ją duch Nur-Ab-Sal uaktywnił się czując, że znajduje się blisko swego dawnego miejsca pobytu. Indy włożył kulkę orichalcum do naszyjnika Sophii - naszyjnik zmienił kształt i rozgrzał się. Sophia zdjęła go czym prędzej, bo zaczął ją parzyć, ale nie odważyła się go wyrzucić. Indy włożył naszyjnik do złotej szkatułki i cisnął ją do jeziorka z lawą. Nur-Ab-Sal został unicestwiony, a Sophia uratowana. Jones wziął berło leżące u stóp szkieletów i powędrował dalej. Po drodze dostrzegł na ścianie atlantyckie graffiti. Przerysował wzór i skierował się do bocznych drzwi. Stał tam wielki pojazd, a na podłodze było kolejne graffiti. Indy wdrapał się na maszynę, wetknął metalowy pręt i berło w sloty, zgodnie z rysunkiem oznaczonym strzałką do przodu. Nakarmił pojazd orichalcum i zawołał Sophię. Wehikuł ruszył. W trakcie jazdy Jones przestawił drążki tak, jak wskazywał rysunek z zakręconą strzałką. Pojazd wpadł w poślizg, przebił ścianę i runął z ogromnej wysokości w dół, w sam środek jeziora lawy. Przyjaciele na szczęście uratowali się. Zeszli niżej i znaleźli się w ogromnej hali z labiryntem małych domków i tuneli. Długo błądzili, aż w końcu doszli do przecinającego im drogę strumienia z zastygłymi płytkami magmy. Po drodze dostrzegli na ścianie rysunek przypominający symbole na kamiennych dyskach. Indy przerysował je i zaczął przeskakiwać po płytach magmy, by dostać się na drugą stronę. Sophia podążyła jego śladem i oboje znaleźli się w samym środku Atlantydy, gdzie wznosiła się gigantyczna machineria. Dotarłwszy na miejsce Jones umieścił dyski zgodnie z rysunkiem ze ściany. Maszyna uruchomiła się, ale po chwili pojawił się Kerner z szalonym naukowcem i hitlerowską obstawą. Wrogowie zdradzili Indy'emu tajemnicę, że stoi w fabryce do produkcji bogów. Kerner, sprytnie zwiedziony przez Jonesa, zdecydował się wziąść udział w eksperymencie. Indy podsunął mu wątpliwość przypominając o błędzie Platona, ale Kernera to nie zniechęciło i kazał uruchomić proces. Niestety (dla Kernera) coś poszło nie tak i zamienił się w zmutowanego potwora. Nie chcąc dłużej znosić męk, rzucił się do lawy. Nazistowski profesor zatarł ręce i kazał Indy'emu poddać się eksperymentowi. Indiana jednak stwierdził, że dla jego własnego dobra, lepiej, żeby mu się nie udało. Profesor wyraził wątpliwość, a wtedy Jones rzucił coś o rozgniewanych bogach i innych takich. Szaleniec doszedł do wniosku, że Indiana naprawdę chce zostać bogiem i kazał mu się odsunąć, by samemu dostąpić tego zaszczytu. Oczywiście eksperyment się nie powiódł i naukowiec został przemieniony w coś bliżej nieokreślonego, co szybko zakończyło swój żywot. Ale wstrząsy obudziły podwodny wulkan, z którego energię czerpała Atlantyda. Wszystko zaczęło sie walić, wszędzie pojawiły się strugi lawy... nie ma czasu do stracenia! Indiana i Sophia doszli do wniosku, że muszą szybko uciekać. Czy im się to udało?
Koniec pięknej gry...